Pesquisas recentes apontam obstáculos pedagógicos que representam desafios à implementação de abordagens históricas em sala de aula. Entre estes obstáculos está o livro-texto, que reflete a maneira como se consolida a ciência escolar em comparação ao conhecimento científico de origem. Tal diferença pode criar conflitos ao serem implementadas abordagens histórico-filosóficas para temas consolidados na ciência escolar. Neste trabalho analisamos o caso de uma sequência didática sobre modelos atômicos aplicada em uma disciplina de química e os conflitos surgidos entre a abordagem histórico-filosófica criada e a versão histórica do livro didático e do currículo tradicional consolidado na escola propondo possíveis soluções para professores de ciências que lidem com problemas semelhantes.