Este trabajo constituye una mirada hacia la investigación como eje de transformación y generación de conocimiento entre los  estudiantes de educación media, a partir del análisis de las concepciones pedagógicas de los docentes del Instituto Pedagógico Nacional, en torno a la investigación y la enseñanza de las ciencias naturales. Se implementó una metodología cualitativa desde el enfoque interpretativo, que permitió, desde el estudio de caso, establecer cuáles son las concepciones pedagógicas de los docentes de educación media en el área de ciencias naturales frente a la investigación. Además de ello, se plantean elementos pedagógicos frente a la inclusión de la investigación escolar en la educación media como estrategia de enseñanza de las ciencias naturales, lo cual aporta a la construcción y la transformación de experiencias pedagógicas.A manera de conclusión, la tendencia de las concepciones de los docentes se vio enfocada hacia la corriente positivista, la cual se enmarca dentro de investigaciones disciplinares y cuantitativas que ven la ciencia desde la aplicación del método científico; aunque se empieza a incluir la corriente pedagógica interpretativa y crítico-social, al socializar los hallazgos cuantitativos obtenidos procurando generar transformaciones sociales desde la intervención con la comunidad. Así mismo, los docentes reconocen los beneficios académicos, sociales, interpersonales y laborales que se obtienen en un proceso de investigación, como la generación y la profundización del conocimiento, el seguimiento de procesos metódicos en la búsqueda de información y recolección de datos, la interpretación y la argumentación frente a fenómenos y el desarrollo crítico desde su cotidianidad; todo lo cual lleva al estudiante a ser un actor de procesos de transformación desde su interés.