La educación científica en biología se enfrenta en la actualidad a un conjunto de desafíos que nos obligan a repensar las metas de aprendizaje de nuestros alumnos y alumnas, en función de sus intereses y necesidades, y de la demanda social presente y orientada al futuro. Hoy se espera que los estudiantes adquieran una alfabetización científica que vaya más allá del conocimiento de contenidos propios de las disciplinas del área y estructurados según sus lógicas de construcción. En el mismo sentido el estudio comparativo internacional PISA (Programme for International Student Assessment) de la OECD (2006) sustenta una concepción de educación científica que parte de aquello que los estudiantes deben conocer, valorar y ser capaces de hacer para enfrentarse a situaciones de la vida real en el mundo actual y futuro. La nueva generación de reformas curriculares puestas en marcha en muchos países, refleja también un renovado interés por una educación científica basada en contextos, en sintonía con las aportaciones más recientes y significativas de la investigación internacional en el campo de Didáctica de las Ciencias, que abogan por una educación para la participación en sociedad, anclada en contextos relevantes de la vida real y basada en la adopción y comunicación de decisiones razonadas y documentadas respecto a asuntos socio-científicos. En consonancia con el giro en las demandas sociales a la educación científica y en biología, se hace necesario reconsiderar también la tarea de enseñar y nuestro rol como docentes. En el presente artículo se presenta un cierto consenso alcanzado en la Didáctica de las Ciencias y de la Biología, acerca de cuales son los desafíos que enfrentamos y cuáles las premisas teóricas para abordarlos. Estas últimas, surgidas de nuevas y fructíferas líneas de investigación en el campo.Se refiere especialmente a las que se ocupan de la contribución específica que las Ciencias Naturales pueden hacer a la formación de ciudadanía, a partir del abordaje de temas complejos en las aulas y de procesos de diseño de unidades didácticas basadas en la investigación en el marco de acciones de desarrollo profesional docente, a partir del análisis de algunos ejemplos de su aplicación en los ámbitos de la investigación didáctica y del desarrollo de materiales educativos.